Các nguyên lý của HACCP có khả năng áp dụng cho tất cả các ngành công nghiệp thực phẩm và đồ uống, kể cả các doanh nghiệp vừa và nhỏ. Các doanh nghiệp vừa và nhỏ gặp phải một vài vấn đề cụ thể trong việc áp dụng HACCP. Dưới

đây sẽ thảo luận về vấn đề này và đưa ra cách khắc phục.

-   Sự thiếu hiểu biết về HACCP.

Một doanh nghiệp vừa và nhỏ có thể đạt được những hiểu biết vững vàng về HACCP khi nghiên cứu tài liệu này và tham gia các khoá đào tạo cụ thể.

-   Thiếu kỹ thuật chuyên môn.

Hy vọng rằng các doanh nghiệp vừa và nhỏ không đủ trình độ về kỹ thuật chuyên môn (đặc biệt các kỹ thuật về vi sinh vật, hoá học, công nghệ, bao gói) sẵn sàng tham gia nghiên cứu HACCP.

ở đâu thiếu sự thành thạo về chuyên môn, các chuyên gia khuyên nên tìm hiểu thêm từ:

-   Các qui định, các hướng dẫn trong công nghiệp, các hướng dẫn thực hành sản xuất tốt.

-   Các tài liệu đã xuất bản.

-   Các dịch vụ tư vấn.

Những thông tin này được các chuyên gia viết dựa trên các nguyên lý chung.  Các doanh nghiệp được khuyến khích sử dụng các thông tin này nhưng phải đánh giá, áp dụng theo hoàn cảnh cụ thể của họ. Các doanh nghiệp muốn đảm bảo tính hiệu quả của kế hoạch HACCP thì nên tham khảo ý kiến từ bên ngoài.

-   Thiếu những nguồn lực về kỹ thuật.

Để thực hiện kế hoạch HACCP cần phải sử dụng các nguồn lực về kỹ thuật và thiết bị khác nhau.

Sự nghiên cứu HACCP sẽ quyết định các thiết bị được mua về. Các thiết bị phải phù hợp, sử dụng đơn giản và nhanh chóng. Để thực hiện kế hoạch HACCP không nhất thiết phải có các phương tiện thí nghiệm.

-   Sự tập trung chức năng.

Trong các doanh nghiệp nhiều trách nhiệm có thể được tập trung trong tay một hoặc hai người, dẫn đến những khó khăn trong việc tập hợp đội HACCP và nghiên cứu kế hoạch HACCP.

Việc nghiên cứu HACCP yêu cầu một đội HACCP có kỷ luật cao gồm các cá nhân với những kỹ năng cụ thể, có thể một số người trong doanh nghiệp nắm bắt được các kỹ năng này. Do đó một người có thể đảm nhiệm nhiều vai trò với điều kiện là các thông tin chính xác được chuẩn bị đầy đủ và đội HACCP có khả năng sử dụng các thông tin này để nhận biết chính xác các mối hiểm nguy và kiểm soát chúng. Sự tập trung trách nhiệm này có thể gây khó khăn trong việc kết hợp công việc HACCP với công việc hàng ngày của nhân viên trong doanh nghiệp. Nhưng HACCP phải được thực hiện do sự sắp đặt thời gian biểu trong cơ cấu hiện thời của công ty cũng như trong việc huy động thêm những nguồn lực sẵn có. Cho dù sự tìm hiểu về HACCP là do các nhân viên trong doanh nghiệp hay nhờ sự trợ giúp của các chuyên gia tư vấn thì tất cả các thông tin liên quan đến quá trình nghiên cứu cụ thể (ví dụ như danh sách nguyên liệu, sơ đồ quá trình, mô tả sản phẩm, thời gian, nhiệt độ của quá trình) sẽ được chuẩn bị trước khi bắt đầu nghiên cứu.

Các doanh nghiệp có thể nhận thức được các khó khăn này nhưng họ không được nản lòng trong việc nghiên cứu HACCP.